OA是基础性管理软件，涉及的管理内容主要是行政、人事方面工作，看起来泄密危险较小。由于OA上至最高领导、下至基层员工的用户普遍性，使得组织80%以上的审批流程，包括关键流程都可能通过OA实现，因此对OA安全性要求只高不低。

九思OA在系统安全性上考虑周到，包括数据、密码、平台、应用等方面均进行了安全配置，以保证万无一失。

基础安全方面，九思OA架构设计考虑安全性要求，平台软件达到安全设计标准。系统支持文档安全软件整合技术，从而做到数据传输加密、远程安全访问、数据存储加密，并且可以VPN等各种安全方式进行绑定，支持入侵检测与防御系统、防火墙的应用。并且支持各种容灾的软硬件设备的使用，方便容灾备份。

安全防范方面，九思OA提供完善的日志功能，能够记录系统使用人员的关键操作，保证系统应用的安全。系统通过初始密码强制更改、启用图形验证码、支持USBkey接口、密码过期控制、密码错误次数控制、密码强度设置等，从而防止暴力破解和恶意攻击。

权限控制方面，九思OA提供用户认证、数据传输、数据存储、数字签名等安全手段接口，可在各个环节提供对第三方安全认证系统的支持。

九思OA开创性地将系统管理权、应用管理元、权限审计管理员的权限进行划分，通过三权分立打造OA系统“定级”安全机制。