原铁道部旧有的职能部门除公安局之外，其余部门被改换名称之后全数保留下来，此外，铁总还增设了物资管理部等一些新的部门。垂直层面，原铁道部下属的18个路局(包括青藏和广铁公司)仍全部由铁总管理，此前盛传的地方路局合并并未有明显动静。